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Als Protein-Untereinheit (oder auch "Untereinheit")bezeichnet man in der Strukturbiologie ein einzelnes Proteinmolekül, das sich mit anderen Proteinmolekülen zusammenlagert und gemeinsam mit ihnen ein funktionsfähiges Protein bildet. Handelt es sich um gleiche Untereinheiten, spricht man von einem homomeren Protein, bei verschiedenen von einem heteromeren Protein. Viele Enzyme, Ionenkanäle, Rezeptoren, Strukturproteine u.a. sind multimere bzw. oligomere Poteine,d.h. sie bestehen aus mehreren Untereinheiten. Jede Untereinheit besteht aus jeweils einer Polypeptidkette. Da jede Polypeptidkette von einem Gen kodiert wird, braucht jedes multimere Protein ein Gen für jede Untereinheit.

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