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Nukleinsäure-Nomenklatur
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Von Molekularbiologen und Genetikern werden bestimmte Abkürzungen im Bezug auf Nukleinsäuren wie DNA und RNA, welche als Nukleinsäure-Nomenklatur bezeichnet wird, häufig verwendet. Diese Nomenklatur wurde von der IUPAC festgelegt. Folgende Festlegungen gibt es bei Nukleinsäuren:
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Orientierung
Der Grundbaustein der Nukleinsäure sind die Nukleotide. Das zentrale Element ist hier die Ribose. Anhand der Kohlenstoff-Atome dieses Moleküls, im Uhrzeigersinn gezählt, werden die Positionen in der Nukleinsäure beschrieben:
Die Positionen werden der jeweiligen Zahl und dem ' -Zeichen (sprich "Strich") bezeichnet. Zum Beispiel macht die Hydroxylgruppe (in blau) an der 2'-Position der Ribose den Unterschied zwischen DNA und RNA aus. Da in der Nukleinsäure die Hydroxylgruppe an 3' einer Nukleobase mit der Phosphatgruppe der nächsten verbunden ist, wird die Polarität und somit auch Orientierung eines DNA/RNA-Stranges mit 5' und 3' bezeichnet. Zum Beispiel bewegen sich Polymerasen von 5' nach 3'. Dem folgend wird von 5' nach 3' oder 5'→3' aufgeschrieben. Andere Enzyme (z. B. einige Nukleasen) bewegen sich dagegen 3'→5', also vom 3'-Ende in Richtung 5'-Ende. Kodierende Stränge werden 5'→3' aufgeschrieben, entsprechend der Leserichtung der Ribosomen bei der Translation. Dadurch ist das 5'-Ende "vorn" und das 3'-Ende "hinten". 5'- und 3'-Ende dienen auch als Begriffe zur Kennzeichnung der Orientierung von Genen . So befindet sich z. B. der Promotor eines Gens 5' vor dem Gen.
Die Symbole für Basen
Die fünf Nukleobasen der DNA oder RNA werden mit ihren Anfangsbuchstaben abgekürzt, nämlich Adenin mit A, Guanin mit G, Cytosin mit C, Thymin mit T und Uracil U. Weitere Symbole kommen zum Einsatz, wenn in einer Sequenz keine eindeutige Zuordnung gemacht werden kann:
| Symbol | Bedeutung | Erklärung |
|---|---|---|
| M | A oder C | amino group |
| K | G oder T | keto group |
| W | A oder T | weak H bonds (schwache H-Brücken) |
| S | C oder G | strong H bonds (starke H-Brücken) |
| Y | C oder T | pyrimidine |
| R | A oder G | purine |
| V | A, C oder G | nicht T (U) (nächster Buchstabe im Alphabet) |
| H | A, C oder T | nicht G (nächster Buchstabe im Alphabet) |
| D | A, G oder T | nicht C (nächster Buchstabe im Alphabet) |
| B | C, G oder T | nicht A (nächster Buchstabe im Alphabet) |
| N | jede möglich |
Siehe auch
IUPAC-Kommission
