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Marklager ist ein Synonym für die "zentrale weiße Substanz", die sich beim Gehirn höher entwickelter Tiere als Centrum semiovale unterhalb der Großhirnrinde befindet. bzw. im Kleinhirnkörper (dem Corpus cerebelli) als Corpus medullare (cerebelli) befindet.

Sie enthält im wesentlichen Nervenfasern, die der Kommunikation der "grauen Nervenzellen" untereinander dienen, sowie weitere Gliazellen. Der Teilbegriff Mark im Wort Marklager bezieht sich auf die durch Myelin oder "Mark" ummantelten markhaltigen Nervenfasern, die eine hellere Färbung haben als die Zellkerne der Nervenzellen.

Dies gilt auch für die T1-gewichtete Magnetresonanztomographie (MRT), wobei man diese hellere Darstellung hier als signalintensiver (als die Hirnrinde) bezeichnet. In der T2-gewichteten MRT stellt sich das Marklager umgekehrt signalärmer als die Hirnrinde dar.

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