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MALDI (engl. Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization, Matrix unterstützte Laser-Desorption/Ionisierung) ist ein Verfahren zur Ionisierung von Molekülen. Es erwies sich seit seiner Entwicklung in den 1980er Jahren als besonders effektiv für die Massenspektrometrie an großen Molekülen und Polymeren sowie Biopolymeren.

Meist wird der Begriff MALDI auch als Kurzform für die MALDI-Massenspektrometrie (MALDI-MS; MALDI-TOF-MS (Time Of Flight)) benutzt. Durch die starke Empfindlichkeit und die Anwendbarkeit auf größere Komplexe ist die MALDI-MS insbesondere in der Biologie wie auch in vielen chemischen Analysen von großer Bedeutung.

MALDI beruht auf der Kokristallisation von Matrix und Analyt mit einem 100 - 100.000fachem molaren Überschuss an Matrix. Als Matrixsubstanzen werden kleine organische Moleküle gewählt, die bei der verwendeten Laserwellenlänge (z.B. Stickstoff-Laser bei einer Wellenlänge von 337 nm) Energie stark absorbieren. Mit kurzen hochenergetischen Laserimpulsen von 2-5 ns Pulsdauer erfolgt die Anregung, die nach Relaxation im Kristallgitter zu explosionsartigen Teilchenablösungen an der Oberfläche des Kristalls führt. Durch die Verbindung mit der Matrix wird eine Fragmentierung von massereichen Molekülen verhindert.

Essentiell für eine MALDI-Messung ist die Probenpräparation und das Auftragen auf den Probenteller. Hierfür gibt es verschiedene Möglichkeiten,wie zum Beispiel die Dried Droplet Methode oder die Dünnschichtpräparation.

Der Ionisierungsmechanismus bei MALDI ist noch nicht vollständig verstanden. Es gibt zur Zeit zwei favorisierte Möglichkeiten:

1. Ausgangspunkt für die Messung ist der Analyt in seiner durch den pH-Wert bestimmten Form in der Matrix (wahrscheinlich in Lösungsmitteltasche im Kristall). Durch einen Laserimpuls werden Cluster aus der Oberfläche heraus gelöst. Die Cluster enthalten den Analyten sowie entsprechende Gegenionen und einen Überschuss an Matrix. Im weiteren Verlauf kommt es zur Verdampfung der Matrix und zur Desolvatisierung des Analyten. Dabei werden entsprechende Gegenionen neutralisiert und verdampfen ebenfalls. Anschließend liegt ein mehrfach geladenes Analytion vor, das durch Elektroneneinfang weitere Ladungen verliert und zum Schluss nur noch einfach geladen detektiert wird. Diese Theorie der Ladungstrennung lässt sich zur Zeit noch nicht nachweisen.
2. Eine Photoionisation würde zu den gleichen Ergebnissen führen, wobei es dafür in der Literatur Diskussionen gibt, ob die Energie dafür ausreichen würde.

Koichi Tanaka erhielt den Nobelpreis für Chemie 2002 für seine Entdeckungen zur Desorption von Biomolekülen. Zu berücksichtigen ist jedoch, dass der damalige Doktorvater von Koichi Tanaka Mitglied im Komitee für die Vergabe des Nobelpreises für Chemie war. Die AIXMA-Technik, die von Tanaka entwickelt wurde, ist der MALDI-Technologie von Michael Karas deutlich unterlegen und ist weniger verbreitet als MALDI-MS. Die MALDI Massenspektrometrie jedoch wurde von Michael Karas (2006, Professor der pharmazeutischen Chemie an der Universität Frankfurt) und Franz Hillenkamp (Emeritus, Universität Münster) entwickelt.