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Der Bioinformatik-Harvester (englisch harvester, „die Erntemaschine, -arbeiterin“) ist eine Bioinformatik-Meta-Suchmaschine über Gene und Proteine von Mensch, Maus und Ratte. Der Harvester vereint oder verlinkt den Inhalt von ca. 16 häufig verwendeten Bioinformatik-Ressourcen. Ein spezielles "ranking"-Verfahren (ähnlich dem Google-Pagerank) sortiert vorab die Informationen und präsentiert dem Benutzer die relevantesten Suchergebnisse in sehr kurzer Zeit.

Funktionsweise

Der Harvester sammelt Informationen von Protein-/Gen-Datenbanken und sogenannten Vorhersage- oder "prediction"-Servern. Dazu simuliert der Harvester einen menschlichen Benutzer, ruft die entsprechende externe Datenbankseite auf und speichert diese auf lokalen Festplatten ab. Als Basis zum Sammeln der Informationen dienten die Uniprot-Protein-Datenbank des Uniprot-Konsortiums und die IPI Datenbank (international protein index). Die Harvester-Sammlung umfasst derzeit:

• Mensch: ~ 72.000 Seiten
• Maus: ~ 54.000 Seiten
• Ratte: ~ 41.000 Seiten
• Zebrafish: ~ 45.000 Seiten
• Arabidopsis: (in Planung)

Harvester sammelt zwei Arten von Informationen:

A) Textbasierte Informationen von den folgenden Datenbanken:

• Uniprot, weltweit größte Protein-Datenbank
• SOURCE, übersichtliche Darstellung von Geninformationen
• Simple Modular Architecture Research Tool (SMART),
• SOSUI, untersucht Transmembrandomänen
• PSORT, Vorhersage für Protein-Lokalisierung
• Homologene, vergleicht Proteine verschiedener Spezies
• gfp-cdna, Protein-Lokalisierung mit Hilfe von Fluoreszenzmikroskopie
• International Protein Index (IPI).
• OMIM, Online Mendelian Inheritance in Man

B) Datenbanken, welche reich an graphischen Elementen sind, werden nicht "gesammelt", sondern in sogenannten iframes verlinkt. Iframes sind eine Art durchsichtiges Fenster auf einer HTML-Seite. Durch dieses Fenster kann man in Echtzeit auf entsprechende externe Datenbanken "hindurchsehen". Mehrere solcher iframe-Fenster werden auf einer Harvester-Protein-Seite kombiniert. Diese Methode erlaubt es, alle Informationen der verschiedenen Datenbanken auf einen Blick zu betrachten und zu vergleichen.

Derzeit werden folgende Server mittels iframes auf Harvester-Seiten vereint:

• NCBI-BLAST, findet lokale Sequenzübereinstimmungen
• Genome-Browser, übersichtliche Darstellung aktueller Genome von der UCSC
• Ensembl, Automatische Genannotation. Ein Projekt von EMBL-EBI und Sanger-Institute
• RZPD, Deutsches Ressourcenzentrum für Genomforschung in Berlin/Heidelberg
• STRING, Server für die Darstellung von interagierenden Genen und Proteinen am EMBL
• iHOP, verlinkt Literatur (pubmed) mit Hilfe von Gen- und Protein-Synonymen

Weiterhin verlinkt der Harvester zu Metasuchmaschinen, wie z. B. NCBI-Entrez.

Dieses Dokument entstammt in seiner ersten oder einer späteren Version der deutschsprachigen Wikipedia. Es ist dort zu finden unter dem Stichwort Bioinformatik-Harvester, die Liste der bisherigen Autoren befindet sich in der Versionsliste; die Originalfassung kann dort auch bearbeitet werden. Alle Texte der Wikipedia und ihre Derivate stehen unter der GNU-Lizenz für freie Dokumentation.

Literatur

• Liebel,U., & Kindler,B.,Pepperkok,R. (2004) 'Harvester': a fast meta search engine of human protein resources. Bioinformatics. 2004 Aug 12;20(12):1962-3. Epub 2004 Feb 26.[1]

• Liebel,U., & Kindler,B.,Pepperkok,R. (2005) Bioinformatic "Harvester": a search engine for genome-wide human, mouse, and rat protein resources. Methods Enzymol. 2005;404:19-26[2]

Weblinks

• Harvester III search engine at KIT Karlsruhe Institute of Technology
• Harvester database id converter
• Harvester Wiki Gene & Protein annotations feedback.
• Harvester Tips&Trick "HowTo"-Tricks des Harvesters und anderer Bioinformatik-Ressourcen.
• Bioinformatik-Datenbanken-Sammlung auf dem Harvester-Wiki