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Der Ausdruck autochthon (von altgriechisch αυτός (autós = selbst) und χθών (chthón = Erde), also etwa „einheimisch“, „eingeboren“ oder „alteingesessen“) bezeichnet:

• in der Sozio- und Ethnologie die ursprüngliche Bevölkerung eines Gebietes, die Ureinwohner eines Landes und deren im Land und mit anderen Völkern unvermischt gebliebene Nachkommen (siehe auch: Indigene Völker). Diese Ursprünglichkeit muss jedoch nicht real sein und kann imaginiert oder erfunden sein (vgl. Herkunftssage) und (ähnlich wie "indigen") als Selbstbeschreibung einen propagandistischen Charakter annehmen.
• In der Biologie und Ökologie versteht man unter autochthonen Arten Lebewesen, die sich durch die Prinzipien der Ökologie von alleine in einem Gebiet angesiedelt haben, „heimische Arten“. Das Gegenteil dazu sind allochthone Arten, die sich maßgeblich erst durch die Kulturtätigkeit des Menschen verbreitet haben. Autochthone Arten, die nur in einem bestimmten Gebiet vorkommen, werden auch endemisch genannt.
• In der System-Ökologie versteht man unter autochthonen Teilen der Nahrungskette solche, die im Ökosystem auf der Basis der Primärproduktion entstanden sind, im Gegensatz zu allochthonen, von außerhalb hereingetragenen oder eingedrungenen.
• In der Geologie nennt man Gesteine, die an Ort und Stelle entstanden, beispielsweise abgelagert worden sind, autochthon (ortsfest). Dagegen sind allochthone Gesteine zu diesem Ort verfrachtet worden. Für nur leicht verschobene, noch in unmittelbarer Verbindung zu ihrem Bildungsort stehende Objekte wird der Begriff parautochthon benutzt - vor allem im Zusammenhang mit tektonischen Deckenbildungen, den so genannten "parautochthonen Decken".
• Auch in der Sprachwissenschaft wird der Begriff (analog) benutzt.
• In der Medizin steht die Bezeichnung für entwicklungsphysiologisch ortsständige Strukturen wie zum Beispiel die autochthone Rückenmuskulatur.

Gegensatz: allochthon: an anderer Stelle entstanden (gr. aλλος, állos = fremd, verschieden, anders)

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