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Agarose
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Agarose ist ein Polysaccharid, aus D-Galaktose und 3,6-Anhydrogalactose, die glycosidisch verbunden sind. Es stellt die Hauptkomponente des Agars dar und wird vor allem aus den Rotalgengattungen Gelidium und Gracillaria gewonnen. Agarose ist ein starker Gelbildner und für die Gelierfähigkeit des Agars verantwortlich.
Agarosegel ist die Bezeichnung für ein Gel, das in der Agarose-Gelelektrophorese zur elektropherographischen Trennung von Substanzen, z. B. von Nukleinsäuren oder Proteinen eingesetzt wird. Es wird durch Aufkochen von Agarose in einem Puffer, beispielsweise TBE-Puffer, hergestellt. Die Konzentration der Agarose im Puffer richtet sich nach der Größe der mit der Gelelektrophorese aufzutrennenden Teilchen, wobei für kleinere Partikel eine bessere Trennung (räumliche Auflösung) mit einem höherprozentig angesetzten Agarosegel erzielt werden kann, für größere mit einem niederprozentigen Gel. Für die Agarosegel-Elektrophorese von Plasmiden und deren Restriktionsfragmente verwendet man beispielsweise meist eine Konzentration von 0,7 bis 1,2 % Agarose im Gelpuffer. Für die Auftrennung von RNA muss man spezielle Formaldehyd-haltige Gele verwendet werden.
- Beispiel für die Herstellung eines 1%-igen Agarosegels
- 1,5 g Agarose werden in 150 ml TBE-Puffer (Tris-Borat-EDTA) pH 8,3 aufgekocht. Beim Abkühlen geliert die Masse und kann zuvor in eine Form, z.B. in ein Trägertablett für die Elektrophorese, gegossen werden. Bei der Gelelektrophorese können der noch flüssigen Agaroselösung bei Bedarf Markierungsstoffe zum Sichtbarmachen der zu trennenden Substanzen zugemischt werden, (z. B. Fluoreszenzfarbstoffe wie Ethidiumbromid zum Nachweis von DNA oder RNA ).
